Teadlased pakuvad uusi andmeid genoomi kolmemõõtmelise struktuuri kohta

Esmaspäev, 24. juuni 2013 - Austraalia ja USA teadlased pakuvad uusi teadmisi genoomi kolmemõõtmelise struktuuri mõistmiseks, mis on praegu suurim genoomika ja geneetika valdkonna väljakutse, mille järeldused ta avaldab oma digiväljaandes ”. Loodusgeneetika ”.

Meie keha iga raku tuumas on tihedalt volditud umbes kolm meetrit DNA-d, mis võimaldab mõnel geenil "ekspresseerida" või aktiveeruda, teised välistades. Arstid Tim Mercer ja John Mattick Sydney Garvani meditsiiniliste uuringute instituudist ja Seattle'is asuva Washingtoni ülikooli professor John Stamatoyannopoulos analüüsisid genoomi 3D-struktuuri suure eraldusvõimega.
Geenid koosnevad "eksonitest" ja "intronitest", millest esimesed on järjestused, mis kodeerivad ja ekspresseerivad valke, ja viimane, mitte-kodeeriva DNA osa söötmes. Geenide kopeerimisel või transkribeerimisel RNA DNA-st lõigatakse või "splaissitakse" intronijärjestused ja ülejäänud eksonid aheldatakse kokku, moodustades valku kodeeriva järjestuse. Sõltuvalt viltu eksonitest võib sama geen genereerida erinevaid valke.
Projekti ENCODE suures koguses andmete kasutamise abil on dr Tim Mercer ja tema kolleegid teinud järelduse genoomi voldimise kohta, leides, et isegi geeni sees on valitud eksonid kergesti avatud. "Kujutage ette pikka ja tohutult keerulist viinapuud, selle keerdunud oksadest, kus on mõned viinamarjad, mida saab hõlpsasti maha rebida, samal ajal kui teised varjata nende käeulatusest kaugemale, " toob ta näite. Mercer
"Samal ajal kujutage ette laisat puuviljakorjajat, kes koristab just käeulatuses viinamarju - lisab ta -. Sama põhimõte kehtib ka genoomi kohta. Spetsiifilised geenid ja isegi konkreetsed eksonid pannakse voltimise käeulatusse." Selles mõttes osutab see teadlane, et viimastel aastatel on teadlased hakanud hindama, kuidas genoomi voldimine aitab kindlaks teha, kuidas seda väljendatakse ja reguleeritakse.
"See uuring on esimene viide sellele, et genoomi kolmemõõtmeline struktuur võib mõjutada geenide splaissimist. Võime järeldada, et genoom voldib nii, et promootori piirkond, geeni transkriptsiooni käivitav järjestus on leitakse eksonite juurest ja nad viiakse kõik transkriptsioonimasinatesse, "toonitab ta.
"See toetab uut asjade vaatamise viisi, mille kohaselt genoom paindub ümberkirjutamismasinate ümber, mitte vastupidi. Need geenid, mis puutuvad kokku transkriptsioonimasinatega, saavad koopiad, samas kui kaugel tiirlevad osad neid eiratakse, "järeldab see uurija.
Allikas: www.DiarioSalud.net